纠纷和勃艮第战争
联邦的扩张并非一帆风顺。来自外部的危险消除之后，各州更加关注自己的利益——反之亦然。
苏黎世与联邦其他成员
1436年，吐根堡王朝的最后一位统治者去世以后， 苏黎世 和 施维茨为争夺其遗产爆发冲突。苏黎世拒绝接受特别法庭的裁决转而，寻求奥地利的支持。为了获得支持，苏黎世甚至将部分领土割让给奥地利。1444年，奥地利说服法国军队与苏黎世并肩战斗，并在St. Jakob an der Birs战役中击败了瑞士联邦军队。直到1450年才达成和平协定：苏黎世放弃与奥地利的结盟并同意以后不再结成此类同盟。城市与农村地区
对联邦命运的第二次威胁来自激化的政治和社会矛盾。独立的联盟成员始终拥有 自由结盟的权利，但1477年勃艮第战争结束后，城市成员与其他城市结成了众多联盟，以至于农村成员害怕联邦内的平衡会被打破。农村州特别关注的一个焦点是希望城市州提升 索洛图恩 和 弗里堡相关城市的地位，使其成为联邦的正式成员。勃艮第战争之后，外部威胁再次使联邦更紧密地团结在一起，最终于1481年在施坦斯会议达成了一个妥协协议。这次会议由被称为克劳斯兄弟的尼克劳斯•弗吕艾调解，除了达成其他共识外，同意接收索洛图恩和弗里堡为联邦正式成员。
勃艮第战争
联邦不是欧洲唯一扩张的势力。勃艮第公爵领地于14世纪和15世纪得到了迅猛发展，在不到1个世纪的时间里就成为欧洲西部最富裕、最雄心勃勃的力量之一。到15世纪中期，勃艮第的领土覆盖了荷兰向北一直到法国汝拉弗朗什孔泰（现在的瑞士西部）的辽阔地域。“勇士查理”公爵于1467年掌权，试图将他的土地连成一片，但伯尔尼将此视为对自己的威胁。
1476年至1477年，在 格朗松、穆尔藤和 南锡战役中，伯尔尼人在联邦其他成员的帮助下击败了勃艮第军队。
勇士查理与联邦的关系一直非常紧张。在穆尔藤战役前，查理宣布，任何落入他手中的联邦成员都将与他并肩作战，从而永远消灭这一野蛮民族。获胜的瑞士人做出了这样的回应：逃跑的勃艮第士兵被“像圣诞节烤鹅一样串起来”，他们的头颅“就像人砸开坚果一样”被砸碎，这都是当时的记载。“像穆尔藤人一样冷酷”这一俗语进入了当地的语言。一种有时会使湖水变成红色的水藻也被俗称为“勃艮第人的血”。勇士查理本人也在与联邦进行的南锡战役中丧生。
与勇士查理领导的勃艮第人交战所取得的巨大胜利为 瑞士雇佣兵赢得了卓越的声誉。从那时起，具有传奇色彩的雇佣军服务“Reislaufen”称为旧联邦经济中的重要部分，在瑞士中部尤其如此。