冲突和宗教战争

征服沃州

1525年，苏黎世正式开始宗教改革，该州成为瑞士宗教改革的第一州。 茨温利的学说对经济最发达城市的城市居民很有吸引力。除索罗图恩和弗里堡外，大部分城市都转向新教。

另一方面，茨温利在瑞士中部教育水平较低的 农村 人口中的影响很小，这不仅有宗教方面的原因，还因为这部分人将自己看到的一切看作是来自权力过大的苏黎世。


有些州发现根本无法妥协。进行宗教改革的州组成了一个同盟，而信奉天主教的州则与奥地利的斐迪南公爵结盟。
茨温利想在整个联邦推广新教，但其他信奉新教的州反对与信奉天主教的各州开战。1529年，信奉新教的各州拒绝了茨温利就此事提出的建议。1531年，爆发了一场战争 (第二次卡佩尔战争)，茨温利在交战中被杀死。


在随后签订的条约中，宗教改革联盟解散。不过，各方同意尊重对方的 宗教选择。


宗教改革运动的兴起与伯尔尼向西的 扩张相一致。 统治着沃州一部分的萨瓦很软弱，使伯尔尼从中受益。
当时，日内瓦的市民与萨瓦支持的日内瓦主教产生了争执。因此，伯尔尼和日内瓦出于对萨瓦共同的敌意而于1526年结盟。


因为伯尔尼人担心软弱的萨瓦会被法兰西征服，因此他们于1536年采取行动征服了沃州、 沙布莱 和 热克斯地区（沙布莱和热克斯当时都属于法国）。接着，伯尔尼人在弗里堡和瓦莱的支持下，入侵 日内瓦。
日内瓦获准保持其独立性，作为一个整体的洛桑和沃州以前也和日内瓦一样与伯尔尼建立了类似的同盟，但这两个地方区却丧失了独立性。


征服沃州后，伯尔尼立刻强制推行新的 改革派宗教：洛桑和日内瓦成为法语区的新教中心。伯尔尼人1536年征服沃州，打通了连接萨瓦地区日内瓦的通道，当时日内瓦正在努力争取自治。不过，直到茨温利死后的继承者 海因里希·布林格于1548年这一危机之年转向他神学对手加尔文，才出现了后来导致日内瓦融入联邦的长期宗教调整。

天主教复兴与反宗教改革

尽管宗教改革最初在联邦最强大、人口最多的地区取得了成功，但是天主教也调动了自己的力量进行 反击。天主教地区的


世俗权力机构接管了主教的许多职责，例如司法和财政，有时甚至还指派牧师。
天主教也向宗教改革运动的领导者学习兴建学校，不过这些学校由耶稣会会士管理。 卡尔迪纳尔·卡洛·博罗梅奥 (1538年-1584年)对


天主教在瑞士的复兴作出了巨大的贡献。他于1579年在米兰创建了海尔维第大学，训练瑞士的牧师。博罗梅奥于1610年成为圣徒，被视为瑞士天主教的守护神。
天主教还收复了部分领地。1531年在 卡佩尔获胜后，一些公共领地重新信奉天主教。1567年，伯尔尼将沙布莱 和 热克斯地区 归还给萨瓦，这两个地区又重新信奉天主教。在信奉天主教的各州干涉下，瓦莱 也慢慢转而信奉天主教。
不过，尽管面临巨大的压力，其他地区依然信奉新教。其中包括 图根堡，尽管它属于圣加仑修道院所有。在有些州，人们可以自由选择 自己的信仰。格拉鲁斯依然摇摆不定 ，而 阿彭策尔 于1597年分裂成信奉天主教的内半州和信奉新教的外半州。

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