Bunty chłopskie i pokój religijny
Konflikty pomiędzy władcami a poddanymi w Lucernie, Bernie, Solothurn i Bazylei osiągneły punkt kulminacyjny w 1653 r. w szwajcarskiej wojnie chłopskiej. Umotywowana religijnie wojna Villmergen w latach 1656 - 1702 doprowadziła do utraty dominacji katolickiej.
Powstanie chłopskie
Wojna trzydziestoletnia oglądała także powtarzające się bunty chłopów, którzy protestowali przeciwko wysokim podatkom, zbieranym przez miasta w kantonach.W końcu doszło do konfliktu, kiedy władze w Bernie i Lucernie zdewaluowały ich walutę w lutym 1653 r. Rozgorycznie chłopów w części berneńskiej i Lucerny rosprzestrzeniło się na kantony Solothurn i Bazylei. Powstanie chłopskie zostało szybko zdławione, a z końcem czerwca władza odzyskała kontrolę nad kantonami.
Ostatecznie wszyscy rebelianci zostali pokonani. Przywódcy zostali ukarani grzywną, wygnani lub straceni. Pomimo krawego stłumienia, wojna chłopska miała długotrwały wpływ. Przez 1798 r., władze już nie odważyły się pobierać bezpośrednich podatków od chłopów. To spowodowało brak środków finansowych w miastach, na zaplanowane powiększenie wojska stałego i biurokracji. Oszczędny system szwajcarskiej milicji, administracyjny i militarny - w niektórych przypadkach nawet do XX wieku - jest konsekwencją wojny chłopskiej.
Wojny Villmergen
W Szwajcarii od czasów reformacji, nie było przepaści między zreformowanymi, bardziej scentralizowanymi i progresywnymi obszarmi miejskimi, a katolickimi, bardziej partykularnymi i konserwatywnymi obszarami wiejskimi. Obszary katolickie wyszły zwycięsko po drugiej wojnie Kappela, drugi pokój Kappela pozwolił im dodać polityczną przewagę w Konfederacji to ich zdobyczy terytorialnych.Konfederaci nie interweniowali w wojnie trzydziestoletniej, ale nie oznaczało to, że rozwiązali własne konflikty religijne. Wręcz przeciwnie. W latach 60-tych były dwie kolejne wojny religijne. Obie decydujące walki toczyły się w Villmergen (obecnie część kantonu Aargau). Nazywane są odpowiednieo pierwszą i drugą wojną w Villmergen.
Pierwsza wojna w 1656 r., była wynikiem próby Zurychu poprawnienia sytuacji protestantów na terenach rządzonych przez katolików. Zakończyła się porażką protestantów.
Druga wojna w 1712 r., została zapoczątkowana przez spór pomiędzy reformatorami z Toggenburg a klasztorem St. Gallen o budowę drogi łączącej środkowe (katolickie) kantony z (katolickimi) południowymi Niemcami. Berno i Zurych wsparły Toggenburg i pokonały stronę katolicką.
Kolejny traktat pokojowy wpłynął na równowagę sił pomiędzy katolickimi a zreformowanymi kantonami. Katolicy nie byli już siłą dominującą. Tak zwany pokój Aarau z dnia 11 sierpnia 1712 r., czwarty pokój w historii Konfederacji, dał Bernu i Zurychowi suwerenność na obszarach wspólnego zwierzchnictwa (tereny były podbite więcej niż raz przez stare kantony i wpólnie zarządzane przez komorników). Od 1531 r. istniejąca hegemonia polityczna katolickich obszarów we wspólnym zwierzchnictwie, została rozwiązana. Jednocześnie, przywrócono pokój religijny w starej Konfederacji.