Unstimmigkeiten und Burgunderkriege
Die Ausdehnung der Eidgenossenschaft geschah nicht reibungslos. Je kleiner die Gefahr von aussen wurde, desto grösser wuchs der Individualismus der einzelnen Kantone – und umgekehrt.
Zürich gegen den Rest der Eidgenossenschaft
Nach dem Tod des letzten Grafen von Toggenburg 1436 stritten sich Zürich und Schwyz über dessen Erbe. Zürich weigerte sich, das Urteil eines Schiedsgerichts zu akzeptieren und bat Österreich um Unterstützung. Für diese Unterstützung trat es an Österreich sogar einen Teil seines Territoriums ab. 1444 überzeugte Österreich französische Söldner, auf der Seite Zürichs zu kämpfen. Diese französische Armee besiegte die Eidgenossen in der Schlacht von St. Jakob an der Birs. Erst 1450 kam es zu einem Friedensabkommen: Zürich löste sein Bündnis mit Österreich auf und versprach, künftig auf solche Allianzen zu verzichten.Stadt gegen Land
Eine weitere Bedrohung für die Eidgenossenschaft waren die gärenden politischen und sozialen Spannungen. Die einzelnen Mitglieder der Eidgenossenschaft hatten immer das Recht gehabt, eigene Bündnisse zu schliessen. Nach dem Burgunderkrieg von 1477 schlossen die städtischen Mitglieder jedoch so viele Allianzen mit anderen Städten, dass die Landkantone das Gleichgewicht zwischen städtischen und ländlichen Mitgliedern gefährdet sahen. Gegen den Wunsch der Stadtkantone, die zugewandten Städte Solothurn und Freiburg als Vollmitglieder in die Eidgenossenschaft aufzunehmen, opponierten die Landkantone vehement.Erst nach den Burgunderkriegen, eine äussere Bedrohung welche die Eidgenossenschaft wieder enger zusammenschweisste, wurde 1481 am Konzil von Stans und unter der Vermittlung des Eremiten Niklaus von der Flüeh (Bruder Klaus) ein Kompromiss gefunden, der u.a. die Aufnahme von Solothurn und Freiburg als Vollmitglieder ermöglichte.
Die Burgunderkriege
Die Eidgenossenschaft war nicht die einzige Macht in Europa, welche expandierte. Im 14. und 15. Jahrhundert wuchs auch das Herzogtum Burgund: innerhalb von 100 Jahren entwickelte sich das Burgund zu einer der wohlhabendsten und ehrgeizigsten Mächte in Europa.Mitte des 15. Jahrhunderts erstreckte sich das Burgund von den Niederlanden bis in die Franche-Comté (im französischen Jura, an die heutige Schweiz angrenzend). Herzog Karl der Kühne, der 1467 an die Macht kam, wollte Verbindungen zwischen seinen nicht zusammenhängenden Gebieten schaffen, wogegen sich Bern wehrte.
In den Jahren 1476 und 1477 kam es zu den Schlachten von Grandson, Murten und Nancy, in denen die Berner – mit Hilfe anderer Eidgenossen – die Burgunder Armee besiegten.
Die Beziehung zwischen Karl dem Kühnen und den Eidgenossen war seit jeher äussert angespannt. Vor der Schlacht bei Murten hatte Karl angekündigt, jeden Eidgenossen, der ihm in die Hände fallen würde, an seiner Seite kämpfen zu lassen, um dieses brutale Volk ein für alle Mal auszuschalten. Als Antwort darauf gingen die siegreichen Schweizer nicht eben sanft mit den Besiegten um: Fliehende Burgunder wurden „aufgespiesst wie Weihnachtsgänse und ihre Schädel geknackt wie Nüsse“, wenn man zeitgenössischen Chronisten glaubt. Der Ausdruck: “so brutal wie Murten” wurde Teil der lokalen Sprache. Ausserdem wird eine Algenart, welche das Wasser des Murtensees rot färbt, als "Burgunderblut" bezeichnet. Karl der Kühne selbst fand in der Schlacht bei Nancy gegen die Eidgenossen den Tod.
Der aufsehenerregende Sieg der Eidgenossenschaft über Burgund unter Karl dem Kühnen begründete den exzellenten Ruf der Schweizer Söldner. Das legendäre «Reislaufen», der Kriegsdienst in fremdem Sold, bildete seither einen wichtigen Bestandteil der Wirtschaft der Alten Eidgenossenschaft, besonders in der Innerschweiz.
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